Fue hija del genovés Antonio Padilla y de la mexicana Petra Parada. De buena posición económica y refinada educación, tuvo once hijos con el presidente Juárez —tres hombres y ocho mujeres—, de los cuales tres murieron a temprana edad (dos de ellos varones y la otra mujer).
Margarita se distinguió por la caridad y ayuda que brindaba a los que tenían menos oportunidades, asimismo, fue una mujer de carácter sólido pues, a pesar de todos los obstáculos presentados, siempre apoyó la causa de su esposo, Benito Juárez, con quien contrajo nupcias el 31 de octubre de 1843.
Esta mujer admiraba notablemente a su esposo, pues a pesar de la gran diferencia de la edad entre ambos (veinte años de diferencia), posición social y sus distintos orígenes, siempre lo acompaño y apoyó incondicionalmente, aun cuando sus revolucionarias ideas no fueran acordes al tiempo en que se vivía.
Margarita vivió diversos momentos difíciles al lado de Juárez, uno de ellos, cuando su esposo fue desterrado del país por haberle negado resguardo al general y dictador Santa Anna. Además de que quedó sola con sus seis hijos y en espera de dos más, fue perseguida, razón que la obligó a buscar refugio en las siguientes haciendas, de manera sucesiva, Miguel Castroterrey, Santa Anita, Llalinas, Los Naranjos y Santa Gertrudis. Sin embargo, logró hacerse de algo de dinero, el cual utilizó para enviar ayuda a su marido, quien se encontró viviendo un tiempo en La Habana, Cuba, y después se movió a Nueva Orleans, EE.UU.
La llegada de Juárez a México y su victoria junto al general Juan N. Álvarez, le dio a Margarita la oportunidad de volver a ver a su marido. Después de haberse encontrado, a su regreso a la ciudad de Oaxaca establece una pequeña tienda en Etla, pero los problemas no acabaron en ese momento, pues poco tiempo después de publicadas las Leyes de Reforma, donde Juárez limitaba el poder de la iglesia Católica, confiscando sus propiedades (entre ellas asilos y hospitales), exclaustrando a monjas y religosos, y separandola del gobierno, el clero decide pedir ayuda a las potencias Europeas. Francia invade México por segunda vez, y en esta invasión francesa Margarita vuelve a separarse de Juárez mas no lo abandona. En ese periodo, Margarita y sus hijas organizan reuniones, obras y otros pequeños eventos para recaudar fondos y apoyar la causa deJuárez, mediante la ayuda a las familias y personas afectadas por la guerra y a hospitales de guerra.
Mientras Margarita se encontraba en Estados Unidos, mueren dos de sus tres hijos varones, José y Antonio, lo cual le resulta un grave golpe; esto aunado al hecho de la desesperación que sufría por ver a su marido, la hacen sentir muy decaída. Empero, se sobrepone e intenta darle todo el apoyo posible a su esposo, quien se comunicaba a través de cartas.
Cuando triunfó la República sobre los Imperialistas, Margarita regresó a México para reencontrarse con su esposo, a bordo de un buque de guerra que el presidente de Estados Unidos le puso a su disposición y a la de su familia y amigos que la acompañaron.
